Шүүх шинжилгээний байгууллага нь Дотоод явдлын яамны Сайдын 1944 оны 01 дүгээр сарын 12-ны өдрийн 14 дүгээр тушаалаар "Шинжлэн магадлах техникийн 4 дүгээр тасаг" нэртэй анх байгуулагдан 2005 оныг хүртэлх хугацаанд Цагдаагийн байгууллагын бүтцийн нэгжээр ажиллаж байсан бөгөөд Монгол Улсын Засгийн газрын 2005 оны 03 дугаар сарын 23-ны өдрийн 63 дугаар тогтоолоор Эрүүл мэндийн яамны харьяа "Шүүх эмнэлгийн магадлах төв", Сангийн сайдын дэргэдэх "Шүүх нягтлан бодох бүртгэлийн магадлах товчоо", Цагдаагийн ерөнхий газрын "Шинжилгээний хүрээлэн"-г нэгтгэн Хууль зүй, дотоод хэргийн сайдын эрхлэх асуудлын хүрээнд Шүүхийн шинжилгээний үндэсний төвийг байгуулсан.

Монгол Улсын Их Хурлын 2022 оны 12 дугаар сарын 23-ны өдрийн нэгдсэн хуралдаанаар Шүүх шинжилгээний тухай хууль (шинэчилсэн найруулга) батлагдаж, Засгийн газрын 2023 оны 10 дугаар тогтоолоор Засгийн газрын хэрэгжүүлэгч Агентлаг-Шүүх шинжилгээний ерөнхий газар болж, бүсийн шүүх шинжилгээний төвүүдийг (Дархан-Уул, Дорнод, Өвөрхангай, Өмнөговь, Ховд) байгуулж, бүтэц зохион байгуулалт, чиг үүрэг, үйл ажиллагаа өргөжиж "цахим технологи, инженер техник, хөрөнгийн үнэлгээ болон байгаль орчны хохирлын үнэлгээ, гэмт хэргийн улмаас хүний сэтгэцэд учирсан хор уршгийн зэрэглэл тогтоох" зэрэг шинэ төрлийн шинжилгээнүүд хийж эхэлсэн.

Тус байгууллага нь бүтэц, зохион байгуулалтын хувьд "Шүүх шинжилгээний ерөнхий газар", "Нийслэлийн шүүх шинжилгээний газар, хэлтэс", "Бүсийн шүүх шинжилгээний төв" болон "Аймгийн шүүх шинжилгээний хэлтэс, хэсэг"-тэй бөгөөд эрүү, иргэн, захиргааны, арбитрын хэрэг маргааныг хянан шийдвэрлэх, зөрчил шалган шийдвэрлэх ажиллагааны явцад ул мөр, эд мөрийн баримтыг илрүүлж, бэхжүүлэх, мөрдөгч, прокурор, шүүхийн тогтоол, шүүгчийн захирамж, төрийн эрх бүхий байгууллагын шийдвэрээр жилд дунджаар 35 мянга орчим хэргийн газрын үзлэгт оролцож, 70 орчим шүүх анагаах ухаан, байгалийн ухаан, инженер-техник, криминалистик, эдийн засгийн зэрэг (баримт бичиг, гарын үсэг, гарын мөр, мөр судлал, материал судлал, галт зэвсэг, тэсрэх төхөөрөмж, цахим технологи, компьютер техник, дүрс бичлэг, дуу авиа, хүний дүр, төрх, авто техник, экологи, эдийн засаг, хөрөнгийн үнэлгээ, ДНХ, хими, физик, биологи, хар тамхи, мансууруулах болон сэтгэцэд нөлөөт бодис, эцэг, эх тогтоох, хүний биед гэмтлийн зэрэг, цогцост задлан шинжилгээ, эд эс болон сэтгэцэд учирсан хор уршгийн зэрэглэл тогтоох шинжилгээ гэх мэт) олон төрлийн шинжилгээг шинжлэх ухаанд тулгуурлан, техник технологийн дэвшил ашиглан нотолгооны эх сурвалж болох дүгнэлт гарган хууль сахиулах чиг үүргийг хэрэгжүүлдэг төрийн тусгай алба юм.

Мөн чиг үүргийн хүрээнд "Гарын мөрийн", "Галт зэвсгийн хонгио, хошууны", "Генетик мэдээллийн" зэрэг нэгдсэн болон төрөлжсөн мэдээллийн санг улсын хэмжээнд бүрдүүлж, гэмт хэргийг түргэн шуурхай илрүүлэх, гэмт хэрэгтнийг нотлон тогтооход ашиглаж байна.

Энэ ч утгаараа тус байгууллагад хими, физик, биологи, инженер, техник, анагаах ухаан зэрэг шинжлэх ухааны олон төрөл, салбарын "Криминалистикийн шинжилгээ-эрх зүй", "Хүний их эмч", "Эдийн засагч", "Нягтлан бодогч", "Биологич", "Генетикч", "Хүний генетикч", "Био-анагаах судлаач", "Биохимич", "Молекул биологич", "Биотехнологич", "Химич", "Хими технологич", "Физикч", "Цөмийн технологич", "Лабораторийн техникч", "Рентген техникч", "Мэдээллийн технологи IT", "Эрх зүйч" зэрэг олон төрөл мэргэжлийн шинжээчид ажилладаг өвөрмөц онцлогтой байгууллагын нэг юм.

Шүүх шинжилгээ бол шинжлэх ухаан, технологийн хөгжилд тулгуурлан нийгэмд шударга ёсыг бэхжүүлэх, хүний эрх, эрх чөлөө, хууль ёсны ашиг сонирхлыг хамгаалахын зэрэгцээ аливаа хэрэг, маргааныг хянан шийдвэрлэх ажиллагааны явцад хэрэгт авагдсан ул мөр, эд мөрийн баримтад үзлэг, шинжилгээ хийж, шинжлэх ухааны үндэслэлтэй, хараат бусаар дүгнэлт гаргаж, хэрэг маргааныг шийдвэрлэхэд чухал үүрэг гүйцэтгэдэг салбар болно.